Die Annakapelle ist das älteste Bauwerk St. Johanns, wurde 1301 erbaut und nach einer Erneuerung 1520 von Bischof Berthold Pürstinger geweiht. Die Kapelle besitzt ein Netzrippengewölbe sowie spitzbogige Fenster. Nach dem verheerenden Brand von 1855 ist die Annakapelle als letzter Rest des ehemaligen gotischen Kirchenensembles erhalten geblieben. Die Unterkirche diente als Karner und besaß einen Nothelferaltar. Die Oberkirche ist der Hl. Anna geweiht und besaß bis zum Brand 1855 einen barocken Altar. Heute befinden sich im Altarraum die Figuren des Hl. Dominikus und der Hl. Katharina von Siena. In den Jahren 1995 bis 2000 wurde die Annakapelle außen und in der Unterkirche vollständig saniert. Die Unterkirche wird von der Stadtgemeinde für Ausstellungen genützt, sie bietet als besonderer Ort der Begegnung den idealen Rahmen und eine ganz besondere Atmosphäre für jede Art von Ausstellungen. 

An Wochentagen werden in der Annakapelle katholische Gottesdienste abgehalten. Sie dient aber auch als Gotteshaus für die evangelische Gemeinde.